Description grand public :

Ce projet a pour objectif de mieux comprendre un type de sarcomes présentant une altération très rare dit « avec réarrangement de NUT ». Ces entités étant encore mal décrites d’un point de vue anatomopahtologique, clinique et génétique. Il n’existe pas de données de transcriptomique, ni de méthylation de l’ADN au sujet de ces tumeurs. Le plan d’étude prévoit donc d’utiliser des données de caractérisation issus du diagnostic moléculaire et de faire des analyses approfondies (méthylome, immunohistochimies, …) sur quelques cas pour lesquels des échantillons tissulaires issus du diagnostic sont encore disponibles.

Description détaillée :

Actuellement dans le spectre des cancers avec un réarrangement du gène NUTM1 seul le carcinome NUT est intégré dans la classification des tumeurs de l’OMS. Ces carcinomes qui présentent un réarrangement du gène NUTM1 ont un pronostic sombre, avec une survie à 5 ans d’environ 40%. Ces carcinomes comme leur nom l’indique présentent l’expression de cytokératines et le plus souvent de la P40. Il a été décrit beaucoup plus récemment dans la littérature des cas de tumeurs sans expression de marqueurs épithéliaux et présentant une morphologie de sarcome avec des réarrangements des gènes NUTM1 et NUTM2B. Ces sarcomes avec réarrangement de NUT sont encore mal décrits d’un point de vue morphologique, clinique et génétique. Il n’existe pas de données de transcriptomique, ni de méthylation de l’ADN au sujet de ces tumeurs. Ce projet permettra d’explorer d’un point de vue nosologique mais également clinico-biologique ces entités afin de mieux les comprendre. Plan de l’étude :- Extraction des données clinico-pathologiques de la base de données du réseau INCA NETSARC+- Recueil des données d’expression génique (RNAseq), ces données sont déjà disponibles à l’institut Bergonié et au CLB car la technique a été réalisée au moment du diagnostic. Réalisation de clustering non supervisée à partir des données transcriptomiques (utilisation de la base de données de tumeurs de l’institut Bergonié).- Acquisition des données de méthylome des tumeurs (Séquenceur Illumina, puces V2, collaboration avec CHU de Marseille et CHU d’Angers) et comparaison avec les données de méthylome des carcinomes NUT à l’institut Bergonié.- Recherche d’éléments morphologiques communs aux cas de sarcomes sur lame virtuelle (scan des HES).- Comparaison des données morphologiques et immunohistochimiques entre les sarcomes et les carcinomes NUT.La demande d’échantillon biologique concerne 4 tumeurs qui présentent un réarrangement sous représenté dans nos données de méthylomes. Elles permettront une meilleure représentativité de notre cohorte finale.