Le carcinome séreux de haut grade de l'ovaire (CSHG) est un des cancers les plus complexes au niveau génomique avec une forte instabilité (ploidie>2). Cela pose d'énormes défis pour le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques. Au cours des cinq dernières années, nous avons utilisé la technologie de séquençage superficiel du génome entier pour tenter de comprendre la complexité du génome des CSHG. Nous avons démontré l'existence de sept signatures de variations du nombre de copies (CN) qui reflètent les processus mutationnels sous-jacents qui entraînent la croissance tumorale. Ces signatures ont été développées sur des échantillons de l'étude BriTROC-1, et validées sur les cohortes du PCAWG et du TCGA, qui ont toutes été obtenues auprès de femmes atteintes d'une maladie avancée et/ou récurrente.
De plus, il est suggéré que les CSHG proviennent de lésions pré-cancéreuses appelées STIC (serous tubal intra epithelial carcinoma) observées dans les trompes de Fallope dont les prémices reposent sur des mutations du gène TP53 (p53). Ces lésions sont retrouvées lors d’annexectomies prophylactiques chez des patientes atteintes de mutations BRCA1/2 ainsi que chez des patientes opérées pour des cancers gynécologiques. Néanmoins, les STIC sont peu caractérisés au niveau moléculaire et immunitaire et l’analyse longitudinale permettant de caractériser le tissu sain, les STIC jusqu’au CSHG est manquante. Cette caractérisation permettrait d’identifier des voies moléculaires et des populations immunitaires qui pourraient être de futures cibles thérapeutiques dans le traitement des CSHG.
HYPOTHESE : Déterminer le moment d’apparition des CN au cours de la cancérogénèse ainsi que les modulations immunitaires et transcriptomique.
OBJECTIF :
- Dans cette étude, nous proposons d’étudier la nature et la fréquence des signatures CNV et les signatures p53 au tout début du développement des HGSC et au niveau des lésions STIC précurseurs (serous tubal intra epithelial carcinoma) associé (= lésion précurseur (précancéreuse)) par shallow WGS (shWGS)
- Nous souhaitons également évaluer les fusions géniques chez les patientes incluses dans l’analyse STIC mais également dans l’étude ALIENORbio
- Caractériser au niveau moléculaire et cellulaire par RNA-sequencing, transcriptomique spatiale (Xenium), multiplex immunofluorescence le tissu sain (trompes de Fallope), STIC et CSHG et corréler les données obtenues avec les données cliniques des patientes
Directeur Général
Le projet STIC nécessite l’utilisation de matériels biologiques prélevés au cours du soin et déjà disponible au Centre Léon Bérard ainsi que dans des centres participants :
- N = 5 patientes
- Blocs FFPE de patientes :
- HE
- IHC (ki67 et p53)
- + 3 lames de 10µm pour l’extraction pour le shWGS
- Données cliniques d’intérêt de ces patientes pour qui nous avons des échantillons
+
- N=100 patientes
Blocs FFPE de patientes avec STIC +/- CSHG + caractérisation IHC de p53 et Ki67
La gestion des échantillons :
Est assurée par la plateforme PGEB du Centre Léon Bérard (accord déjà obtenu en CMT). La liste des échantillons disponibles a été transmise par Séverine Tabone (PGEB) et les échantillons revus par I. Treilleux (biopathologie) et transmis par PATHEC.
Les centres français participants ont été sollicités et nous transmettrons les tissus biologiques dont la gestion de sera assurée par la PGEB. Un CMT sera fait pour les patientes du CLB.
Les patientes pouvant être incluses dans l’étude STIC devront répondre aux critères de sélection suivants :
Critères d’inclusion :
- Patientes majeures (âge supérieur ou égal à 18 ans)
- Confirmation histologique du diagnostic d’un CSHG+STIC avec bloc FFPE disponible et tissu sain associé
- >5 pour le niveau d’information
- Si niveau d’information <5, envoi d’une note d’information
Critères d’exclusion :
- Non disponibilité de l’échantillon
- Patientes mineures (<18 ans)
- Opposition de la patiente
Pour les patientes vivantes ou décédées : La disponibilité de leurs échantillons à la PGEB ou dans un centre participant implique qu’elles aient signé un accord pour l’utilisation future de leurs échantillons dans le cadre de recherches scientifiques. Le niveau d’information sera systématiquement vérifié dans leurs dossiers et nous utiliserons les échantillons de patientes avec un niveau d’informations >5 ou <5 après envoi d’une note d’information relative au projet.
Recherche scientifique menée dans l’intérêt légitime de lutte contre le cancer (articles 6.1.f et 9.2.j du Règlement (UE) n° 2016/679)
- Dr. Olivia Le Saux, Investigateur Principal, équipe C. Caux (CRCL)
Equipes internes au CLB
- Equipe EMS : coordination administrative, financière et scientifique du projet
- Equipe C. Caux CRCL : gestion et réalisation des analyses et réalisation du multiplex immunofluorescence
- Plateforme de Gestion des Echantillons Biologiques (PGEB) : gestion des échantillons
- Service juridique au service de la DRTI : gestion des contrats
- Biopathologie et Dr Treilleux: sélection des patientes, expertise anatomopathologique et aide à l’envoi des échantillons
- Plateforme bio-informatique Gilles Thomas : analyses bio-informatiques (gènes de fusions, RNAseq)
- Plateforme génomique des cancers : réalisation du RNAseq et de la transcriptomique spatiale
Equipes externes au CLB (sous-traitant)
- Equipe Pr I McNeish - Hammersmith Hospital, London (United Kingdom): gestion des analyses biologiques (shWGS) et cliniques par Olivia Le Saux en post-doctorat 1 an à Londres chez le Pr I McNiesh.
- Centre anti-cancéreux du réseau TMRG :
- IUCT (Toulouse)
- Institut Curie (Paris)
- ICO (Nantes)
- CGFL (Dijon)
- IPC (Marseille)
- Centre anti-cancéreux Rome : Agostino Gemelli (Italie)
D’autres centres participants pourront être ajoutés à cette liste
L’ensemble des documents inhérents à l’étude ainsi que la base de données de l’étude seront conservées par le Centre Léon Bérard deux ans après la dernière publication puis archivés (après publication des résultats) pour une durée minimale de 15 ans, soit dans les locaux du Centre Léon Bérard, soit auprès d’un prestataire spécialisé dans l’archivage médicale.