Mes données de santé
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Objectives

Nous souhaitons explorer la relation entre la marque épigénétique H3K27me3 HIST1 et la mutation IDH2R140. Notre hypothèse de travail est que la marque histone H3K27me3 HIST1 est secondaire à la dérégulation d’une déméthylase induite, au moins partiellement par la mutation IDH2. 

 

Pour ce faire, nous souhaitons caractériser des échantillons de patients porteurs d’une mutation sur le gène IDH2 sur lesquels nous voulons  

  1. Rechercher la présence de la marque H3K27me3 sur le locus HIST1 sur une nouvelle cohorte de patients non mutés pour le gène NPM1. Pour ce faire nous avons besoin de cellules congelées en DMSO à partir desquelles nous réaliserons une analyse de la chromatine par une technique de ChIP-QPCR. Dans cette partie, nous allons également avoir besoin de contrôle (patients NPM1mut/IDHwt, patients NPM1mut/IDH2mut, patients IDH1mut…) 
  1. Analyser l’effet de l’enasidenib sur la marque H3K27me3 HIST1. En effet, si notre hypothèse de travail est exacte, la drogue, en réduisant la quantité de 2HG présente dans la cellule devrait réactiver les enzymes impliqués dans la méthylation des histones et modifier le profil épignétique au niveau de notre locus d’intérêt. 

 

Techniques mises en oeuvre

ChIP-qPCR : l’ADN préalablement crosslinké et soniqué  est immunoprécipité à l’aide d’un anticorps a-H3K27me3 (Abcam 2002). L’ADN est purifié, une PCR quantitative est réalisée avec des oligonucléotides permettant l’amplification de régions ciblées au locus HIST1 ; les enrichissements en marques H3K27me3 seront définis par rapport aux quantités d’amplicons obtenus sur ces mêmes régions en utilisant une chromatine immunoprécipitée à l’aide d’un anticorps non spécifique pour les IgG. Des contrôles positifs et négatifs pour l’H3K27me3 sur des régions préalablement validées seront utilisés en contrôle.  

Cultures cellulaires et cytométrie en flux: les blastes primaires seront isolés sur la base de leur imunophénotype (SSClow,CD45int) (plateforme de cytométrie du CRCM) puis cultivés in vitro sur une période de 9 jours jusqu’à expression de marqueurs de différenciation myélomonocytaire (CD24, CD15, CD14, CD16) en présence d’enasidenib/AG-220 ou de son excipient (DMSO), tel que précédemment rapporté (8).  

Data controller

Institut Paoli Calmettes

232 Boulevard Sainte Marguerite

13273 Marseille Cedex 09

Categories of data used
Données d’identification (sans donnée nominative) / Données de santé
Origine de données utilisées
Soins
Institut Paoli Calmettes (Marseille)
Population subject to research or data processing

Critère d’inclusion

LAM au diagnostic ou à la rechute

Matériel biologique stocké à la biothèque de l’IPC

 

Legal basis

Traitement de données mené dans l'intérêt public dans le domaine de la santé publique (article 6.1e et 9.2.j du Règlement (UE) n°2016/679)

Internal and external data recipients

Institut Paoli Calmettes

Research start date
22/03/2021
Data retention period

Les données seront conservées pendant la durée légale en vigueur ou tant qu'elles présenteront un intérêt scientifique 

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