La relation entre les cellules et leur emplacement relatif dans les tissus est essentielle pour comprendre la pathogénèse tumorale. La transcriptomique spatiale est une méthode révolutionnaire de profilage moléculaire qui permet de mesurer toute l'activité des gènes dans un échantillon de tissu et de cartographier l'endroit où cette activité se produit.
Cette approche est rendue possible par la nouvelle technologie « Visium » pour des échantillons fixés et inclus en paraffine (FFPE). Après les résultats très convaincants des tests effectués sur 2 tumeurs (carcinome pulmonaire non à petites cellules), nous souhaitons appliquer cette technique à une série plus large d’échantillons tumoraux
Directeur Général
Nous avons identifié 4 cohortes d’intérêt, provenant de 3 cancers différents :
1) Les carcinomes épidermoïdes (CE) des voies aéro-digestives (VADS) de 6 patients sur lesquels nous possédons des données de single cell RNAseq, réalisé à partir de biopsies fraîches.
2) Les CE des VADS de 10 patients avant et après un traitement par immunothérapie (20 échantillons), afin d’essayer d’identifier des mécanismes de résistances à cette thérapie.
3) Les cancers bronchiques non à petites cellules de 5 patients avec et 5 patients sans structure lymphoïde tertiaire (TLS), dans le but de caractériser les patients de la cohorte TUMADOR.
4) Les cancers du sein de 12 patients (4 ER+ HER2-, 4 ER+ HER2+ et 4 TNBC). Cette étude est centrée sur l’étude de l’expression du régulateur épigénétique CDYL12 (ou de sa signature d’expression, cf. Siouda et al., science, 2020).
Recherche scientifique menée dans l’intérêt légitime de lutte contre le cancer (articles 6.1.f et 9.2.j du Règlement (UE) n° 2016/679)
- Equipe Saintigny, CRCL
Equipes internes :
- PGEB (identification et mise à disposition des échantillons)
- PAR (réalisation des coupes)
- PGC (Technique Visium)
2 ans