Méthodologie, type d’analyses (biologiques ou autres), objectifs et critères d’évaluation, nombre de patients etc

1 seul patient est à intégrer à notre étude N°IPP : 0805171. Des prélèvements sanguins et de moelle osseuse seront utilisés pour cette étude. Les résultats obtenus sur lymphoytes de patients seront comparé à des lymphocytes issus de donneurs sains provenant de l’établissement français du sang.

Les échantillons seront étudiés en suivant ces différentes méthodes :

• Séquençage ARN messager (ARNm): Brièvement, les ARNm sont isolés en utilisant le kit RNeasy de Qiagen en suivant le protocole du fabricant. La qualité des ARNm est contrôlée par hybridation sur une puce de contrôle Bioanalyzer (Agilent tech.). Les resultats d’expression des gènes et des voies moléculaires sont réalisés en utilisant le logiciel Phantasus (IFMO).
• Séquençage du TCR : Le séquençage des TCR des lymphocytes T CD4+ et T CD8+ sont réalisés afin de définir la diversité des lymphocytes.
• Les cellules cryopréservées seront décongelées et marquées avec un panel d’anticorps permettant de définir les sous-types de lymphocytes T (CD3, CD4, CD8, CD45RA, CD31, ICOS, CCR7, CXCR5, FoxP3). Les cellules marquées seront ensuite acquises par cytométrie en flux multiparamétrique (Beckton-Dickinson LSRII) et les diverses populations et phénotypes analysés en utilisant le logiciel FlowJO (Beckton-Dickinson, Treestar).
• Les variations observées par séquençage d’ARNm entre notre patient et les donneurs sains seront évaluées par étude du Fold change d’expression, avec un cut-off à FC>2.

Les études de statistiques de type p-value ne seront pas possible du fait que nous n’ayons qu’un patient atteint de thymome.