CGI-Clinics vise à améliorer la médecine personnalisée en oncologie en optimisant l'interprétation des données génomiques (post-séquençage et avant de conseiller des thérapies ciblées compatibles). L'interprétation est un goulot d'étranglement pour le déploiement complet et la large accessibilité du séquençage de nouvelle génération (NGS) dans la gestion du cancer. Le projet s'attaque aux trois principaux obstacles à l'interprétation des mutations cancéreuses : elle n'est pas systématique, elle porte sur une majorité de variants dont la signification est inconnue et elle ne parvient pas à mobiliser les patients.
L'interprétation des données génomiques des tumeurs repose sur le travail d'experts qui examinent des bases de données et des ressources éparses, dans un processus qui prend du temps et qui peut conduire à des décisions cliniques peu optimales.
CGI-Clinics permettra de systématiser le processus d'interprétation en intégrant les bases de données publiques et privées pertinentes des hôpitaux dans un outil de type "guichet unique", avec la possibilité d'organiser des RCP moléculaires virtuelles co-facilitées et co-animées par des hôpitaux de référence.
Le projet comportera trois phases : (1) setup (évaluation des besoins), (2) validation (pilote avec 9 partenaires cliniques) et (3) réplication (30 hôpitaux dans toute l'UE). Il permettra de démocratiser l'interprétation des données génomiques (indépendamment de leur nombre, des ressources et des techniques de séquençage) et d’impacter l'économie de la santé.
S'appuyant sur une plateforme d'apprentissage automatique systématique, CGI-Clinics augmentera la part de variants interprétables dans les tumeurs (de 9-12% actuellement à au moins 50%), ainsi que des caractéristiques qui constituent des biomarqueurs de réponse aux médicaments.
Le processus d'interprétation est complexe pour la plupart des patients atteints de cancer, ce qui les éloigne de la connaissance de leur maladie. Le projet aboutira au développement de eduCGI, une application pour les aider à comprendre les informations obtenues par l'interprétation de leurs tumeurs facilitant ainsi les discussions éclairées avec les cliniciens et le partage de leurs données pour la recherche.
En fin de compte, le projet est conçu pour informer les décideurs politiques sur la gestion du cancer et renforcer l'autonomie des patients.
Directeur Général
Pour l’analyse rétrospective :
- cohortes PROFILER et PLANET au CLB,
- projet accepté récemment (avril 2023) d’accès au Collecteur Analyseur de Données (CAD , hors CLB) contenant les données de séquençage WGS et RNAseq des patients atteins de cancers rares. Le CAD a été créé dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025. C’est une infrastructure de collecte de données génomique et de mise à disposition de services dans le respect du consentement des patients pour la réutilisation de leurs données à des fins de recherche.
Nombre de patients attendus :
Profiler = ~5000 patients
Planet = ~50 patients
Recherche scientifique menée dans l’intérêt légitime de lutte contre le cancer (articles 6.1.f et 9.2.j du Règlement (UE) n° 2016/679)
Dr Pierre SAINTIGNY, investigateur principal CLB
Dr Loic VERLINGUE, co-investigateur principal CLB
Mr Eliel KATCHE, chef de projet opérationnel CGI-Clinics
Dr Julien BOLLARD, chef de projet (suivi admin/financier)
- IRB Barcelona (externe)
- Dr Nuria LOPEZ-BIGAS, Coordinatrice projet, IRB (Biomedical research institute) Barcelona
- Dr Santiago DEMAJO, Bio-informaticien
- Dr Olivia Tort, Project manager
- Autres centres EU participant au projet (externe) : ce sont uniquement des fournisseurs de données (de santé de leurs patients respectifs) à l’IRB Barcelona.
- ALIRA Health (externe) : acteur médico économique qui va s’assurer qu’IRB et l’ensemble des partenaires respectent les bonnes pratiques cliniques et étiques tous le long du projet et aider à l’enregistrement de l’outil (de diagnostic in vitro)
- Le service Bio-informatique du CLB (interne) pour l’accès aux données génomique des patients et au cluster de calcul GNOMIC
- FERRARI Anthony, Bio informaticien
- SOHIER Emilie, Bio informaticienne
- LOUISON Jonathan, Bio informaticien
- La DSI (interne) pour l’accès aux IPP recherche
- CROCHET Hugo, Directeur des systèmes d’information
- PLEYNET Elodie, Data
Dans la version beta de CGI-clinics, les données sont supprimées 6 mois après avoir effectué une analyse.
Si modifications de cette durée, l’information sera transmise au DPO le cas échéant