L’objectif de cette étude est de mettre au point un protocole permettant d’accéder à l’expression des gènes à l’échelle de chaque noyau indépendamment. L’expression des ARNm des noyaux permet d’avoir une estimation de l’activité transcriptomique cellulaire, et donc du fonctionnement des cellules.

Ces informations d’expression des ARNm sont ensuite analysées bioinformatiquement afin de déterminer les types cellulaires présent dans l’échantillon et estimer le fonctionnement des cellules tumorales, normales et des cellules du microenvironnement.

En pratique, la mise au point a été réalisée à partir de blocs fixés et inclus en paraffine reçu par la plateforme 3DOnco pour leur projet de recherche de générations d’organoïdes. Nous avons ciblé ces échantillons pour la mise au point de ce protocole car il est important de trouver des possibilités pour comparer l’activité transcriptomique des cellules présentes dans les organoïdes avec celles présentes dans l’échantillon original.