L’objectif de cette étude est de mettre au point un protocole permettant d’accéder à l’expression des gènes à l’échelle de chaque noyau indépendamment. L’expression des ARNm des noyaux permet d’avoir une estimation de l’activité transcriptomique cellulaire, et donc du fonctionnement des cellules.
Ces informations d’expression des ARNm sont ensuite analysées bioinformatiquement afin de déterminer les types cellulaires présent dans l’échantillon et estimer le fonctionnement des cellules tumorales, normales et des cellules du microenvironnement.
En pratique, la mise au point a été réalisée à partir de blocs fixés et inclus en paraffine reçu par la plateforme 3DOnco pour leur projet de recherche de générations d’organoïdes. Nous avons ciblé ces échantillons pour la mise au point de ce protocole car il est important de trouver des possibilités pour comparer l’activité transcriptomique des cellules présentes dans les organoïdes avec celles présentes dans l’échantillon original.
Directeur Général
3 patients pour lesquels du tissu frais a été reçu par la plateforme 3DOnco dans le cadre du projet CMT n° 2022-05, 2021-33 et 2021-19) pour lesquels une partie des fragments a été fixée et incluse en paraffine.
Recherche scientifique menée dans l’intérêt légitime de lutte contre le cancer (articles 6.1.f et 9.2.j du Règlement (UE) n° 2016/679)
Cyril Degletane (Plateforme de Génomique des Cancers) : technique Single Cell et analyse
Interne CLB_CRCL :
- Plateforme PEXVIVO : logistique tumeurs fraîches, vérification de l’info patient et transmission données associées
- Plateforme 3DONCO ; préparation des échantillons
Les recommandations de la CNIL seront suivies : La CNIL recommande 2 ans après la publication scientifique puis archivage sur un support distinct