Pour ce projet, des patients fumeurs/buveurs et non-fumeurs/non buveurs traités pour des carcinomes épidermoïdes de la cavité buccale ont été sélectionnés afin d’étudier la carcinogénèse de leurs tumeurs et d’analyser les variantes structurelles de leur ADN tumoral, en comparant les données des patients fumeurs/buveurs versus non-fumeurs/non buveurs. Les données seront obtenues grâce à une technologie permettant de caractériser les variants structuraux de l’ADN tumoral qui sera réalisées par BIONANO.
En parallèle, 4 de ces échantillons seront analysés par WGS (séquençage du génome entier) au CLB afin de comparer ces 2 technologies.
Pour donner de la puissance à cette comparaison pour ces 2 approches, 3 échantillons d’adénocarcinomes mammaires amplifiés HER2+, seront inclus à cette analyse. Dans un second temps, s’il reste suffisamment de matériel, une analyse en RNA Seq pourra alors être effectuée et les données seront traitées par la plateforme de bio-informatique du CLB.
Dr Pierre Saintigny
17 patients incluant des fumeurs/buveurs et non-fumeurs/non buveurs qui ont été traités pour un carcinome épidermoïde de la cavité buccale.
3 patientes traitées pour un adénocarcinome du sein, HER2+.
30 mg par patients de tumeur congelée dans un cryotube de 1.8ml issu de la tumorothèque du CRB sera envoyé à BIONANO.
Si il reste du matériel tumoral après l’envoi à BIONANO, il est envisagé de faire du RNA Seq au CLB, le CRB sera en charge d’extraire les ARNs.
Recherche scientifique menée dans l’intérêt légitime de lutte contre le cancer (articles 6.1.f et 9.2.j du Règlement (UE) n° 2016/679)
Recherche scientifique menée dans l’intérêt public dans le domaine de la santé publique (articles 6.1.e et 9.2.i du Règlement (UE) n° 2016/679)
Dr Pierre Saintigny, coordination du traitement
Alain Viari, en charge de l’analyses bio-informatique et du traitement des données si RNAseq
Bionano Gemomics, sous-traitant externe
2 ans