Structural variants of oral squamous cell carcinomas
Pour ce projet, des patients fumeurs/buveurs et non-fumeurs/non buveurs traités pour des carcinomes épidermoïdes de la cavité buccale ont été sélectionnés afin d’étudier la carcinogénèse de leurs tumeurs et d’analyser les variantes structurelles de leur ADN tumoral, en comparant les données des patients fumeurs/buveurs versus non-fumeurs/non buveurs. Les données seront obtenues grâce à une technologie permettant de caractériser les variants structuraux de l’ADN tumoral qui sera réalisées par BIONANO.
En parallèle, 4 de ces échantillons seront analysés par WGS (séquençage du génome entier) au CLB afin de comparer ces 2 technologies.
Pour donner de la puissance à cette comparaison pour ces 2 approches, 3 échantillons d’adénocarcinomes mammaires amplifiés HER2+, seront inclus à cette analyse. Dans un second temps, s’il reste suffisamment de matériel, une analyse en RNA Seq pourra alors être effectuée et les données seront traitées par la plateforme de bio-informatique du CLB.
Dr Pierre Saintigny