L’objectif du projet est le développement d’un outil nommé End-to-end iBiopsy, dédié à la détection et la caractérisation des nodules du foie par deep learning à partir des images de scanner.

Projet mené en collaboration avec les sociétés Median (FR) et MedExprim, co-responsables de traitement. Le Centre Léon Bérard est considéré comme sous-traitant au sens du RGPD.

L’objectif de ce projet de mesurer les valeurs de référence en vue de développer un test de dépistage préopératoire basé sur l’analyse des miARN circulants comme reflet de la tumeur. Cooper Surgical dispose déjà d’une cohorte de sérum d'au moins 100 femmes atteintes de fibromes bénins qui seront utilisés pour calculer une plage normale de miARN cibles. Le CLB apportera une 20n d’échantillons de sérum de Léiomyosarcomes pour établir une base de référence pour les niveaux de miARN tumoraux.

De plus, les analyses pourraient permettre d’identifier également d'autres biomarqueurs qui pourraient aider à identifier les patientes à faible risque de léiomyosarcome utérin pathogène à haut risque.

Etude internationale n’impliquant pas la personne humaine, multicentrique et rétrospective de type cohorte associée à une collecte de données cliniques et matériel biologique tumoral. 

Demande d’échantillons cancer col de l’utérus pour une mise au point d’un marquage dans le cadre du projet COLIBRI. 

COLIBRI est une étude pilote multicentrique, simple bras évaluant l’impact immunitaire de la combinaison du nivolumab (anti-PD1) et de l’ipilimumab (anti-CTLA4) chez des patientes atteintes d’un carcinome épidermoïde du col de l’utérus devant bénéficier d’un traitement initial par radio-chimiothérapie (RTCT). 

L’objectif principal de ce projet est d’évaluer l’évolution du rapport des cellules CD8pos/FOXP3pos au sein des tumeurs avant (diagnostic, à l’entrée de l’étude) et après traitement (anti-PD1 + anti-CTLA4), avant la RTCT. Nous ferons des marquages multi-IF sur coupes de tumeurs fixées. Le ratio CD8pos/FOXP3pos sera obtenu par l’application d’un algorithme. Nos marquages ont été mis au point dans des tumeurs de l’ovaire mais nous devons les valider dans les cancers du col pour les faire sur la cohorte des patientes COLIBRI.  

Nous avons besoin d’environ 10/20 échantillons fixés de cancers du col de l’utérus.  

Hypothèse : Le marquage multi-IF fonctionne dans les cancers du col. 

Objectif principal : Valider la mise au point du marquage multi-IF dans les cancers du col. 

Objectifs secondaires :

• Utiliser ce marquage dans la cohorte des patientes COLIBRI

L’objectif est de :

- comparer l’efficacité des tests sur les panels de gènes FMI aux autres panels disponibles,

- comparer l’efficacité des tests réalisés sur des biopsies liquides par rapport aux tissus solides.

Etude internationale n’impliquant pas la personne humaine, multicentrique et rétrospective de type cohorte associée à une collecte de données cliniques et matériel biologique tumoral.

Ajout échantillons de patientes à la cohorte ancillaire ALIENOR déjà prévu car résultats non significatifs (analyses sur l’ADNct) + ajout d’échantillons de patientes de la cohorte Acsé pour confirmer les résultats obtenus par RNAseq sur la cohorte ALIENORbio.

Les tumeurs de la granulosa sont des tumeurs rares de l’ovaire. Au vu de leur rareté, davantage d’études sont nécessaires afin d’améliorer le diagnostic, le pronostic et les traitements administrés aux patientes. Le pronostic des patientes est très engagé avec de nombreuses rechutes pouvant avoir lieu jusque 30 ans après le diagnostic de la première tumeur. Il est décrit que la mutation du gène FOXL2 (C134W) est retrouvée dans presque tous les cas de granulosa et la recherche de cette mutation dans les biopsies des patientes est devenue aujourd’hui systématique pour établir un diagnostic histologique.

Une partie du projet translationnel ALIENORbio vise à identifier des biomarqueurs de pronostic (rechute, réponse aux traitements) pour améliorer et anticiper la prise en charge des patientes. Pour cela, nous analysons la présence et la quantité de la mutation de FOXL2 au cours du temps dans l'ADN circulant tumoral (ADNct) à partir du plasma des patientes.

 Ayant réalisé cette analyse chez les patientes incluses dans l’essai clinique ALIENOR et ayant obtenu des résultats pour 28 patientes, nous souhaitons augmenter le nombre d’échantillons et les inclure dans nos analyses dans le but de pouvoir apporter une conclusion statistiquement plus forte sur l’utilité de rechercher la mutation de FOXL2 dans l’ADNct. Cette technique étant peu invasive, représenterait un atout majeur dans la prise en charge des patientes atteintes de tumeurs de la granulosa.

Les échantillons tumoraux des patientes incluses dans l’essai ALIENOR ont été processés et soumis à une analyse transcriptomique (séquençage ARN ; RNAseq). Les résultats obtenus sont intéressants et notamment sur le versant immunitaire. Ainsi, nous souhaitons regarder sur des cohortes de patientes avec les mêmes tumeurs mais ayant reçu de l’immunothérapie, le profil transcriptomique permettant de valider nos travaux. De ce fait, nous avons sollicité Unicancer, coordonnateur de l’étude Acsé afin d’avoir accès aux échantillons des patientes.

Hypothèse : Nous avons pour hypothèse que l’analyse de la mutation FOXL2 dans l’ADNct permettrait de prédire la réponse tumorale et/ou la réponse aux traitements pouvant par la suite être utilisé comme une méthode de routine, non invasive, pour le suivi des patientes. De plus, nous avons pour hypothèse qu’en fonction du bras de traitement des patientes dans ALIENOR et/ou d’autres caractéristiques cliniques, nous pourrons mettre en évidence des profils transcriptomiques différents ouvrant la voie à de nouvelles approches thérapeutiques ou de recherche dans ce domaine.

Objectif principal :

• Analyse de la mutation FOXL2 dans l’ADNct de nouvelles patientes atteintes de tumeur de la granulosa et pour qui des échantillons sont disponibles au CLB.
• Analyse transcriptomique de patientes de la cohorte Acsé et ALIENORbio.

Objectifs secondaires :

• Analyser le dossier clinique de ces patientes additionnelles
• Comparer les résultats obtenus entre les patientes incluses dans l’essai ALIENOR et ces nouvelles patientes
• Etablir une conclusion statistique et publiable sur la future utilisation de cette technique non invasive pour la patiente dans la prise en charge des tumeurs de la granulosa à visée pronostic

Etudier et valider les facteurs pronostiques chez les patients en début de prise en charge pour un cancer métastatique et hospitalisés d’emblée. Il s’agit donc de patients porteurs de maladies particulièrement graves, pour lesquels le traitement spécifique est à la fois la seule chance possible, mais régulièrement toxique et inefficace. Il existe des facteurs pronostiques validés dans la littérature à différents stades de la maladie, mais leur pertinence au diagnostic initial dans ce contexte est à valider, et les études existantes ont pour la plupart eu lieu avant l’aire des bio-marqueurs et des thérapies ciblées. L’intégration de ces derniers points dans la modélisation en augmentera la pertinence clinique et l’originalité scientifique.