Principal :

Evaluation des critères d’agressivité dans le dernier mois de vie des AJA de 18 à 30 ans.

Secondaires 

Accès aux soins palliatifs.

Lieux de décès.

Temps passé en service de MCO et/ou USCI dans le dernier mois de vie.

Directives anticipées

Statut de la personne de confiance

Description grand public :

L’étude TRANS-SOMA vise à mieux comprendre une forme rare de cancer testiculaire, les tumeurs germinales non séminomateuses lorsqu'elles évoluent vers une transformation spécifique du tératome en contingent somatique malin. Il s’agit d’une étude analysant des données médicales existantes pour évaluer la survie des patients atteints. En parallèle, des analyses moléculaires sur certains échantillons tumoraux seront réalisées afin d’approfondir les connaissances sur les mécanismes biologiques de ces cancers rares et d’améliorer les soins à l’avenir

Description détaillée :

L’objectif principal de l’étude TRANS-SOMA est d’évaluer la survie globale des patients présentant une tumeur germinale non séminomateuse ayant un diagnostic histologique de transformation du tératome en contingent somatique malin soit dans la tumeur primitive soit dans l’atteinte métastatique.

 Objectifs secondaires :

• Évaluer la survie sans progression dans cette même population de patients

• Analyser le taux de réponse après chimiothérapie.

Étude ancillaire : Identifier et comparer les anomalies moléculaires spécifiques du tératome transformé en contingent somatique malin à celles observées dans des cancers similaires non issus de tumeurs germinales. Effectuer environ 30 analyses moléculaires par NGS (Next-Generation Sequencing) sur les échantillons tumoraux disponibles : stade primitif / métastatique. 

Les résultats permettront de mieux comprendre les aspects épidémiologiques et moléculaires de cette maladie rare, contribuant ainsi à améliorer la prise en charge thérapeutique des patients concernés

Description grand public :

L’étude clinique Breastimmun-3 visait à étudier, chez des patientes atteintes de cancer du sein triple négatif résistantes à la chimiothérapie néoadjuvante + chirurgie (statut RCBII/III), l’efficacité d’un traitement adjuvant combinant anti-PD-1 et anti-CTLA-4, comparativement à la chimiothérapie contrôle (capécitabine). Au sein de cette cohorte, pour 6 patientes, nous avons pu collecter des tissus tumoraux aux 3 temps d’intérêt : au diagnostic, à l’exérèse et à la rechute. Ainsi, sur ces échantillons pairés, nous avons réalisé des analyses moléculaires (WGS et WES). L’objectif est d’identifier des marqueurs génétiques qui évoluent au cours de la progression tumorale et de caractériser d’éventuels mécanismes spécifiques aux patientes traitées par immunothérapie versus chimiothérapie. 

Description détaillée :

L’objectif de cette analyse est d’identifier la présence d’anomalies (modifications) non héréditaires, qui pourraient expliquer la maladie et/ou prédire son évolution. Les échantillons disponibles pour chaque patiente sont : 3 échantillons de tumeur (tumeur primaire, tumeur résiduelle après chirurgie et récidive) et un échantillon de sang. Pour 4 des 6 patientes, des données de Whole Genome Sequencing (WGS) sont disponibles (soit 4x4=16 échantillons) avec une couverture moyenne de 45X et pour les 6 patientes, des données de WES sont disponibles (soit 6x4=24 échantillons) avec une couverture moyenne de 135X. Ainsi, l’analyse prévue permettra de décrire les évolutions géniques qui prennent place chez les patientes en rechute mais également de savoir si ces changements géniques sont communs (ou au contraire uniques) à toutes les patientes qui ont une récidive. La méthodologie bio-informatique utilisée sera la suivante : 1) Préprocessing et contrôle qualité des données ; 2) Détection des variants germline dans les gènes connus pour être impliqués dans le cancer (liste des gènes issue de Cosmic par exemple) ; 3) Estimation de la clonalité/CCF (« Cancer Cell Fraction ») ; 4) Détection des variants somatiques et identification des variants spécifiques ou avec une fréquence allélique différente en fonction des types d’échantillons de tumeur ; 5) Analyse des signatures mutationnelles et comparaison aux bases de données (ex : Cosmic) ; 6) Prédiction des « tumor progression tree » à partir des variants somatiques ; 7) Calcul et différentiel de la charge mutationnelle tumorale (« Tumor mutational burden », TMB) entre les échantillons de tumeur (primaire, résiduelle ou récidive) ; 8) Analyse des variations de nombres de copies de gènes (CNV) et différentiel potentiel entre les échantillons de tumeur ; 9) Prédiction des « oncogenetic tree » à partir des CNV ; 10) Analyse des variants structuraux et différentiel potentiel entre les échantillons de tumeur (calcul de la charge de variants structuraux -insertions, délétions, translocations…-, circos plot, signatures…).

Description grand public :

Ce projet a pour objectif de mieux comprendre un type de sarcomes présentant une altération très rare dit « avec réarrangement de NUT ». Ces entités étant encore mal décrites d’un point de vue anatomopahtologique, clinique et génétique. Il n’existe pas de données de transcriptomique, ni de méthylation de l’ADN au sujet de ces tumeurs. Le plan d’étude prévoit donc d’utiliser des données de caractérisation issus du diagnostic moléculaire et de faire des analyses approfondies (méthylome, immunohistochimies, …) sur quelques cas pour lesquels des échantillons tissulaires issus du diagnostic sont encore disponibles.

Description détaillée :

Actuellement dans le spectre des cancers avec un réarrangement du gène NUTM1 seul le carcinome NUT est intégré dans la classification des tumeurs de l’OMS. Ces carcinomes qui présentent un réarrangement du gène NUTM1 ont un pronostic sombre, avec une survie à 5 ans d’environ 40%. Ces carcinomes comme leur nom l’indique présentent l’expression de cytokératines et le plus souvent de la P40. Il a été décrit beaucoup plus récemment dans la littérature des cas de tumeurs sans expression de marqueurs épithéliaux et présentant une morphologie de sarcome avec des réarrangements des gènes NUTM1 et NUTM2B. Ces sarcomes avec réarrangement de NUT sont encore mal décrits d’un point de vue morphologique, clinique et génétique. Il n’existe pas de données de transcriptomique, ni de méthylation de l’ADN au sujet de ces tumeurs. Ce projet permettra d’explorer d’un point de vue nosologique mais également clinico-biologique ces entités afin de mieux les comprendre. Plan de l’étude :- Extraction des données clinico-pathologiques de la base de données du réseau INCA NETSARC+- Recueil des données d’expression génique (RNAseq), ces données sont déjà disponibles à l’institut Bergonié et au CLB car la technique a été réalisée au moment du diagnostic. Réalisation de clustering non supervisée à partir des données transcriptomiques (utilisation de la base de données de tumeurs de l’institut Bergonié).- Acquisition des données de méthylome des tumeurs (Séquenceur Illumina, puces V2, collaboration avec CHU de Marseille et CHU d’Angers) et comparaison avec les données de méthylome des carcinomes NUT à l’institut Bergonié.- Recherche d’éléments morphologiques communs aux cas de sarcomes sur lame virtuelle (scan des HES).- Comparaison des données morphologiques et immunohistochimiques entre les sarcomes et les carcinomes NUT.La demande d’échantillon biologique concerne 4 tumeurs qui présentent un réarrangement sous représenté dans nos données de méthylomes. Elles permettront une meilleure représentativité de notre cohorte finale.

Description grand public :

Reprise d’histoire de la maladie de patients d’âge pédiatrique suivis ou ayant bénéficié d’un suivi pour un corticosurrénalome pour sensibiliser les médecins pédiatres aux pièges diagnostiques de cette pathologie.

Description détaillée :

Reprise de l’histoire de la maladie de 5 patients d’âge pédiatrique suivis ou ayant bénéficié d’un suivi pour un corticosurrénalome à l’Institut d’Hématologie Oncologique Pédiatrique (IHOPe) de Lyon, à savoir les symptômes initiaux, les examens biologiques et les imageries réalisées, dans le but de sensibiliser les médecins aux pièges diagnostiques de cette pathologie et de mieux informer sur la prise en charge à réaliser devant une image suspecte de la surrénale

Primaire :

Analyser le devenir des patients atteints de LAM traités par thérapies innovantes (combinaisons VEN-analogues nucléosidiques, CPX-351, autres) à l’IPC et aux HCL

Secondaire : 

Comparer ces résultats avec ceux des patients traités par VEN-HMA 

L'objectif principal est d'évaluer le taux de patients septiques avec HC-IAI nécessitant des vasopresseurs et les facteurs associés chez les patients avec HC-IAI pendant leur séjour aux soins intensifs. L'objectif secondaire est d'évaluer le taux de mortalité à 90 jours et les facteurs associés dans la cohorte de patients atteints d'HC-IAI.

Principal 

Evaluer l’impact de l’antibiothérapie probabiliste initiale par PIP-TAZ vs Carbapénème sur la mortalité à J28 chez les patients d’onco-hématologie infectés et/ou colonisés à entérobactéries productrices de bétalactamase à spectre étendu (E-BLSE) en soins critiques.

Secondaires 

Evaluer l’impact de l’antibiothérapie probabiliste initiale par PIP-TAZ vs Carbapénème sur la mortalité à J90, à 1 an, le nombre de jours sans antibiotique à J28, le nombre de jours sans support d’organe à 28 jours. 

Critère composite d’échec thérapeutique défini par la mortalité à J28 ou la récidive d’une infection à entérobactérie productrice de BLSE à J28. 

Principal : 

Evaluation de l’impact d’une antibiothérapie préemptive sur la mortalité à 90 jours chez les patients asymptomatiques colonisés biliaires en post-opératoire d’une duodénopancréatectomie céphalique.

Secondaires :

Evaluation des facteurs de risque de mortalité à 90 jours chez les patients colonisés biliaires en post-opératoire d’une duodénopancréatectomie céphalique.

Evaluation de l’impact d’une antibiothérapie préemptive sur les complications postopératoires ([classification de Clavien], fistule, hémorragie, choc septique, mortalité 1 an) chez les patients asymptomatiques colonisés biliaires en post-opératoire d’une duodénopancréatectomie céphalique.

Description grand public :

Cette étude vise à corréler les niveaux de la protéine BMPR1A et de l’expression du gène BRCA1 dans des tumeurs triples négatives du sein mutées ou non sur BRCA1. La perte ou diminution de fonction du gène BRCA1 étant un facteur de risque majeur dans la survenue de cancers du sein triple négatifs, cette étude vise à identifier un nouveau mécanisme de perte de fonction de BRCA1 liée à une augmentation de BMPR1A. Cette étude pourrait conduire à étendre le nombre de patientes éligibles aux traitements par les inhibiteurs de PARP qui ont fait leurs preuves dans les cas de tumeurs mutées pour BRCA1.

Description détaillée :

Les cancers du sein triple négatifs, dont la grande majorité appartient au sous-type moléculaire basal, sont ceux présentant le plus mauvais pronostic, entre autres dû à l’absence jusqu’à récemment de thérapies ciblées. Le facteur de risque majeur pour la survenue de ces tumeurs est la présence de mutations germinales du gène BRCA1. BRCA1 est un acteur majeur de la réparation des cassures double brin de l’ADN par le mécanisme de la recombinaison homologue. Sa déficience entraîne notamment une instabilité génomique, constituant un terrain favorable à l’apparition de mutations oncogéniques. Cette déficience en recombinaison homologue, appelée également BRCAness, peut être provoquée par de multiples mécanismes ciblant BRCA1 ou d’autres gènes impliqués dans la recombinaison homologue. En effet, en plus des mutations germinales ou somatiques affectant le gène BRCA1, sa fonctionnalité peut également être altérée par des mécanismes épigénétiques ou de régulation transcriptionnelle ou post-transcriptionnelle. En clinique, les patientes porteuses de mutations BRCA1 germinales présentant un cancer du sein triple-négatif peuvent être traitées avec des inhibiteurs de PARP, qui vont induire une accumulation de cassures doubles brins suite à l’inhibition de la réparation des cassures simple brins. Les cellules tumorales homozygote BRCA1-, déficientes pour la recombinaison homologue et incapables de réparer correctement cet afflux de cassures double brins vont alors mourir, contrairement aux tissus seins qui sont BRCA1- hétérozygotes. Dans ce contexte, l’identification de nouveau mécanismes pouvant conduire à une situation de BRCAness semble importante pour identifier des tumeurs qui pourraient répondre aux inhibiteurs de PARP même en l’absence du mutations BRCA1. Nous avons mis en évidence en utilisant un modèle de cellules souches mammaires humaines non transformées que l’activation de la signalisation BMP4/BMPR1A (ajout de la cytokine BMP4 exogène ou surexpression de son récepteur BMPR1A) induisait une répression transcriptionnelle de l’expression de BRCA1. Cette diminution de l’expression de BRCA1 s’accompagne d’une déficience en recombinaison homologue objectivée entre autres par une sensibilité accrue aux inhibiteurs de PARP et une instabilité génomique augmentée. Ces observations suggèrent qu’une dérégulation de la signalisation BMP4/BMPR1A pourrait induire une BRCAness dans les cellules souches mammaires, potentiellement à l’origine de tumeurs du sein triple-négatives. Dans le but de tester la validité de cette hypothèse dans des tumeurs primaires, nous désirons mesurer dans des tumeurs du sein triple négative sans mutations du gène BRCA1 les niveaux d’expression de BMP4, BMPR1A et BRCA1. Nous disposons déjà des mesures de l’expression de BMP4 et BMPR1A par IHC dans un panel de tumeurs triples négatives mutées ou non pour BRCA1. Nous avons maintenant besoin d’extractions d’ARN sur les blocs correspondant pour mesurer le niveau de transcrit BRCA1. Si notre hypothèse est juste nous attendons une corrélation inverse entre les niveaux de BMP4 et/ou BMPR1A et de BRCA1.