Evaluer l’impact pronostique de la détection d’un ou plusieurs Herpesviridae chez les patients d’onco-hématologie en réanimation

Principal : taux de chimiothérapie néo-adjuvante et de réponse pathologique complète en fonction de la taille initiale de tumeur et en fonction des périodes et des sous types tumoraux.

Secondaires : taux de chirurgie conservatrice versus mastectomie totale.

Principal : taux de complications et facteurs prédictifs de complications en analyse multivariée.

Secondaires : taux de reconstruction immédiate ; score prédictif de complication ; durée d’hospitalisation ; délai de traitement adjuvant en fonction des complications ou non et des facteurs cliniques (catégorie d’âge, reconstruction immédiate ou non).

Principal : Characteristics of new breast cancers were compared between 2019 and 2020 with distinction of three periods: before March 17 (P1), since March 17 to May 11 (P2), after May 11 to July 31 (P3) and after July 31 for year 2019. We compared also these three periods of year 2020.

Secondaires : Comparisons of breast surgical activity and ambulatory hospitalization were performed between each month of 2019 and 2020

Nous souhaitons explorer la relation entre la marque épigénétique H3K27me3 HIST1 et la mutation IDH2R140. Notre hypothèse de travail est que la marque histone H3K27me3 HIST1 est secondaire à la dérégulation d’une déméthylase induite, au moins partiellement par la mutation IDH2. 

Pour ce faire, nous souhaitons caractériser des échantillons de patients porteurs d’une mutation sur le gène IDH2 sur lesquels nous voulons  

1. Rechercher la présence de la marque H3K27me3 sur le locus HIST1 sur une nouvelle cohorte de patients non mutés pour le gène NPM1. Pour ce faire nous avons besoin de cellules congelées en DMSO à partir desquelles nous réaliserons une analyse de la chromatine par une technique de ChIP-QPCR. Dans cette partie, nous allons également avoir besoin de contrôle (patients NPM1mut/IDHwt, patients NPM1mut/IDH2mut, patients IDH1mut…) 

2. Analyser l’effet de l’enasidenib sur la marque H3K27me3 HIST1. En effet, si notre hypothèse de travail est exacte, la drogue, en réduisant la quantité de 2HG présente dans la cellule devrait réactiver les enzymes impliqués dans la méthylation des histones et modifier le profil épignétique au niveau de notre locus d’intérêt. 

Techniques mises en oeuvre

ChIP-qPCR : l’ADN préalablement crosslinké et soniqué  est immunoprécipité à l’aide d’un anticorps a-H3K27me3 (Abcam 2002). L’ADN est purifié, une PCR quantitative est réalisée avec des oligonucléotides permettant l’amplification de régions ciblées au locus HIST1 ; les enrichissements en marques H3K27me3 seront définis par rapport aux quantités d’amplicons obtenus sur ces mêmes régions en utilisant une chromatine immunoprécipitée à l’aide d’un anticorps non spécifique pour les IgG. Des contrôles positifs et négatifs pour l’H3K27me3 sur des régions préalablement validées seront utilisés en contrôle.  

Cultures cellulaires et cytométrie en flux: les blastes primaires seront isolés sur la base de leur imunophénotype (SSClow,CD45int) (plateforme de cytométrie du CRCM) puis cultivés in vitro sur une période de 9 jours jusqu’à expression de marqueurs de différenciation myélomonocytaire (CD24, CD15, CD14, CD16) en présence d’enasidenib/AG-220 ou de son excipient (DMSO), tel que précédemment rapporté (8).  

Objectif principal : définir des signatures de radiogénomique prédictives de la survie du patient.

Objectifs secondaires :

1-définir de nouveaux volumes cibles de radiothérapie en fonction des caractéristiques radiomiques et choisir leurs indications en fonction de facteurs pronostiques biomoléculaires ;

2-prédire la résistance à la thérapie en utilisant les données histologiques en format numérique et les données biomoléculaires et leur analyse par des méthodes basées sur des réseaux de neurones artificiels profonds.

3-Etude des changements d’intensité sur l’imagerie post traitement pour identifier et prédire la toxicité dans le cas de traitement par photon ou par proton

Principal : Analyse de la réévaluation des antibiothérapies via la traçabilité dans le dossier patient et le remplissage des formulaires.

Secondaires :

• Evaluer la justification des antibiothérapies de plus de 7 jours

Proposer des pistes d’améliorations de l’outil de traçabilité de la réévaluation

Evaluer le devenir oncologique de patients présentant une tumeur de la vessie infiltrant le muscle, traités par radio-chimiothérapie concomitante à visée curative, en termes de survie globale, globalement, puis en différenciant les patients éligibles au traitement trimodal vs les non éligibles

Objectifs descriptifs :

• Décrire les caractéristiques des patients, des tumeurs vésicales, du bilan diagnostique, de la prise en charge thérapeutique (doses radiothérapie et chimiothérapie, volume irradiés, cycles de chimio, etc)
• Documenter les facteurs de risque dont tabac et causes professionnelles afin d’évaluer la fréquence de documentation de ces informations cliniques importantes dans les dossiers médicaux
• Documenter les motifs de non réalisation de la cystectomie
• Evaluer la survie sans récidive locale isolée, puis survie sans métastases et la survie globale chez les patients ayant récidivé localement (récidive vésicale) et pris en charge par cystectomie complète (= cystectomie de rattrapage)

Evaluation de la tolérance : Évaluation de la sécurité du traitement: toxicités aigues et tardives

Recueil rétrospectif des marges histologiques des carcinomes basocellulaires retirés chirurgicalement avec analyse de leur possible récidive lors de leur suivi clinique

Les cancers du sein triples négatifs (TNBC) n’exprimant ni le récepteur à l’œstrogène, ni les récepteurs à la progestérone et au facteur de croissance épidermique constituent un réel défi clinique. Les cancers TNBC sont un enjeu particulier dû à leur grande hétérogénéité et à leur manque de cibles thérapeutiques. Des études récentes démontrent la présence à la surface des cellules cancéreuses de protéines qui sont normalement exprimées dans le compartiment intracellulaire des cellules saines. Ainsi ces études montrent petit à petit l’émergence d’une classe de protéines, les protéines externalisées ou eProts, spécifiques des cellules cancéreuses.  

Suite à la réalisation du programme de recherche VIES, Vimentine Externalisée dans les cancers du Sein, financé par le CLARA dans le cadre d’un programme Oncostarter, en collaboration avec le centre Jean Perrin une analyse bio-statistique va être réalisée. Cette analyse porte sur une cohorte de patientes présentant un cancer du sein triple négatif, associant données cliniques et données biologiques (marquages immuno-histochimiques qui ont été réalisés sur les tumeurs).