Analyse des patients dont les cancers expriment des mutations du gène KRAS

Objectif principal : Etudier l'évolution du microenvironnement immunitaire tumoral sous chimiothérapie néoadjuvant dans les adénocarcinomes gastriques ou de la jonction œsogastrique localisés et résécables par une approche intégrative associant données transcriptomique et spatiale.

Echantillons biologiques collectés : pièce opératoire et ganglions réséqués dans le cadre de la routine standard.

Type d’analyse : RNA-Seq (CLB) et Hyperion (ICM)

Objectif secondaire : Associer cette évolution du profil du TME immunitaire à la réponse à la CT néo-adjuvante.

Objectif principal :

L’objectif de cette étude et d’évaluer la tolérance nutritionnelle des patients traités par radiothérapie pour une tumeur primitive nasopharynx.

Objectifs secondaires :

- Isoler des facteurs cliniques et techniques prédisposants aux toxicités digestive et/ou nutritionnelles. 

- Mesurer les Prolongations de l’étalement des séances de radiothérapie > 3 jours toutes causes et liées à toxicité digestives et/ou nutritionnelles 

- Evaluer les replanifications de séances de radiothérapie liées à un amaigrissement.

 - Mesurer l’état nutritionnel à 3 mois de la fin du traitement. 

- Mesurer le taux d’hospitalisations pour toxicité digestives et/ou nutritionnelles. 

- Faire un état des lieux de la prise en charge prophylactiques des nausées radio/chimio-induites.

Les cancers de la cavité buccale représentent 25% des cancers des voies aérodigestives supérieurs. Actuellement, les carcinomes épidermoïdes cT1-T2N0 sont traités par une chirurgie d’exérèse tumorale associée à un curage cervical ganglionnaire. La technique du ganglion sentinelle, validée pour les cancers du sein et le mélanome, permet l’analyse histologique du premier relais ganglionnaire afin d’établir un diagnostic d’envahissement lymphatique. Des études prospectives randomisées ont montré que cette technique a une survie globale, une survie spécifique et un risque de récidive ganglionnaire locorégionale non inférieure au curage cervical ganglionnaire. C’est une technique sure et précise (Se et Sp > 90%) permettant la diminution de la morbidité du site opératoire et du temps d’hospitalisation par rapport au curage cervical ganglionnaire.

L’ensemble des études ont analysé la technique du ganglion sentinelle sans distinction des sous-localisation de la cavité buccale. A travers une étude de cohorte rétrospective, nous souhaitons établir une cartographie du ganglion sentinelle en fonction de la sous-localisation anatomique de la cavité buccale et des lèvres pour améliorer la précision de cette technique. Les objectifs secondaires sont de préciser le bilan d’extension préopératoire nécessaire et l’intérêt de l’analyse extemporanée per-opératoire.

Objectif principal : Etablir une cartographie du ganglion sentinelle en fonction de la sous-localisation anatomique de la cavité buccale et des lèvres pour améliorer la précision de cette technique. 

Les objectifs secondaires sont de préciser le bilan d’extension préopératoire nécessaire et l’intérêt de l’analyse extemporanée per-opératoire.

Population : localisations de Ganglions Sentinnels par type d'examen d'imagerie pré opératoires et par résultat de l'extempo versus définitif

Principal

Evolution vers DHG/ADK in situ après resection

Secondaires 

taux d’eradication de la DBG

taux d’eradication de la métaplasie intestinale

taux de récidive de la DBG

taux de récidive de la métaplasie intestinale

correspondance biopsie/ anatomopathologie de la resection

précédentes analyse en fonction de l’histologie de la resection

évolution vers DHG/ADK en fonction de la durée du suivi

morbidite

Principal

Mesurer l’évolution de l’adhésion à l’hormonothérapie avant et après la participation au programme Hormono TOP

Secondaires 

Mesurer l’évolution de la qualité de vie, de l’image du corps. 

L’objectif principal est de définir la durée de cicatrisation après reconstruction par lambeaux perforants libres et pédiculés des pertes de substances induites par l’exérèse des sarcomes des tissus mous. Cette donnée sera catégorisée en 4 catégories : cicatrisation < 1 mois ; < 1 mois et < 2 mois ; > 2 mois et < 3 mois ; > 3 mois.

Ce critère permettra de vérifier que la reconstruction par ce type de lambeau (lambeaux perforants) est fiable et permet la réalisation des traitements adjuvants sans perturber la temporalité de la séquence thérapeutique.

Les critères secondaires porteront sur les complications précoces (infection, désunion, nécrose du lambeau, reprise chirurgicale) et tardive (trophicité du lambeau à 1 an, remodelage du lambeau à distance)

Les données démographiques et sur les types tumoraux permettront de caractériser la population de l’étude (âge, sexe, comorbidités) et de dégager des facteurs de risque d’évolution défavorable localement.

Suite à une étude transcriptomique publiée en 2011 par l’équipe (PMID : 21356356), nous avions identifié le gène COL3A1 comme étant différentiellement exprimé par les cellules de Mésothéliome Pleural Malin (MPM) (forte expression) et les cellules d’adénocarcinomes pulmonaires (ADCA)(Faible expression). Dans une étude sur 14 cas de MPM (13 épithélioïdes et 1 sarcomatoide) et 15 cas d’ADCA, nous avions montré l’intérêt du marqueur histologique Col3A1 pour le diagnostic différentiel, en immunohistologie, du MPM avec les d’adénocarcinomes pulmonaires. Des analyses complémentaires, réalisées en utilisant la base de données du The Cancer Genome Atlas (TCGA), ont permis de montrer que l’expression de COL3A1 semble spécifique de l’origine mésothéliale, la plèvre saine exprimant fortement ce gène, et une association entre la forte expression de COL3A1 et une survie significativement diminuée des patients. Ces résultats ont été confirmés sur une cohorte indépendante grâce aux données de la collection d’échantillons de MPM du Dr Didier Jean (FunGeST, CRC, Paris).

Nous souhaiterions maintenant évaluer plus précisément l’expression du Col3A1 en immunohistologie en incluant plus de formes sarcomatoides (type histologique le plus agressif et souvent négatif pour les marqueurs usuels du MPM). Nous souhaiterions également inclure plus de cas de MPM afin de pouvoir confirmer ou non l’association entre l’expression de Col3A1 et la survie des patients.

Principal : Caractériser l’impact des mutations du gène TP53 sur le niveau/la forme d’expression de la protéine TP53 

Secondaires :Caractériser le niveau de dommage à l’ADN

Caractériser la capacité à induire l’apoptoseCaractériser la sensibilité/ résistance aux traitements 

Re-expression de TP53 et resensibilisassions aux traitements par mRNA

Principal

Définir les caractéristiques omiques et spatiales des tumeurs NMIBC réfractaires au BCG en évaluant l'expression des gènes et des protéines ainsi que la distribution des protéines à l'aide de la technologie multiplex MICS

Secondaires  

* Evaluer la corrélation entre les niveaux d'expression de l'ARNm et des protéines

* Comparer l'expression et la distribution des biomarqueurs avant et après traitement par thermo-chimiothérapie (en cas de récidive)

* Évaluer la valeur pronostique des niveaux d'expression des gènes et des protéines en termes de survie sans récidive (RFS) et de survie sans progression (PFS)

* Évaluer la valeur prédictive en termes de réponse à la thermo-chimiothérapie

Principal

Develop epigenetic biomarkers for high-grade serous ovarian cancer for diagnosis, monitoring of residual disease, and detection of relapse using in silico and in vivo studies 

Secondaires 

Correlation of methylation profiles at diagnosis to FIGO stage, progression-free survival, and overall survival