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Mutographs of cancer

Objectives

Description grand public  :

Le projet de recherche Mutographs vise à faire progresser notre compréhension des causes du cancer grâce à l’étude des mutations géniques. Cette étude internationale d'une ampleur sans précédent poursuit trois objectifs :1. élucider les causes des principales différences géographiques et temporelles mondiales ; 2. identifier et caractériser les processus biologiques sous-jacents ;3. étudier et surveiller les expositions à l’origine des mutations dans les cellules. 

Le Centre Léon Bérard a été sollicité pour compléter la cohorte européenne des cancers colorectaux, principalement chez les patients jeunes (>50 ans).

 

Description détaillée :

Le projet de recherche Mutographs vise à faire progresser notre compréhension des causes du cancer grâce à des études de signatures mutationnelles. Il a reçu un Cancer Research UK Grand Challenge (subvention CRUK No A25055), l'initiative de subvention de recherche sur le cancer la plus ambitieuse au monde visant à s'attaquer aux principaux problèmes liés au cancer grâce à une recherche internationale d'une ampleur sans précédent. L’étude Mutographs répond à trois objectifs : 1. élucider les causes des principales différences géographiques et temporelles mondiales dans l'incidence du cancer grâce à l'étude des signatures mutationnelles ; 2. identifier et caractériser les processus biologiques sous-jacents aux signatures mutationnelles ; 3. étudier et surveiller les expositions mutagènes dans les cellules normales chez l'homme grâce à l'analyse des signatures mutationnelles. Le module de travail Mutographs 1, dirigé par Paul Brennan, se concentre sur l'objectif 1 et implique de procéder au séquençage du génome entier de 6 000 individus atteints de 8 types de cancer différents sur 5 continents, afin d'explorer si différentes signatures mutationnelles dans l'ADN des cancers expliquent les différences géographiques dans l'incidence du cancer. Le CIRC/OMS prévoit que ce projet comblera les lacunes dans notre compréhension de l'étiologie du cancer, essentielle pour concevoir des mesures de prévention efficaces. En comprenant les causes du cancer, les efforts sans précédent de Mutographs pourraient conduire à de nouvelles approches pour prévenir le cancer et offrir des opportunités pour renforcer la détection précoce, affiner les groupes à haut risque pour lesquels les stratégies de dépistage seraient les plus bénéfiques, contribuer au développement thérapeutique ultérieur et définir les facteurs de risque modifiables qui pourraient contribuer à prévenir l'apparition du cancer. Le projet de recherche Mutographs porte sur les adénocarcinomes colorectaux, rénaux, pancréatiques, œsophagiens et les cancers épidermoïdes de l'œsophage qui sont tous d'étiologie incertaine, présentent des différences géographiques et temporelles importantes d'incidence et sont suspectés d'être associés à des expositions de type « occidentalisation » ou à des expositions locales spécifiques. Trois autres sites de cancer ont été ajoutés au projet : le carcinome de la vésicule biliaire, le carcinome urothélial et les cancers de la tête et du cou afin d'explorer les étiologies spécifiques de ces cancers. Outre le sang et les matériaux tumoraux destinés au séquençage du génome entier de paires d'ADN tumeur/lignée germinale afin de découvrir des signatures mutationnelles, diverses informations cliniques et sur les facteurs de risque seront collectées pour identifier les causes spécifiques des signatures mutationnelles, qu'elles soient biologiques, environnementales ou liées au mode de vie. L'étude s'étend actuellement géographiquement pour inclure des cas supplémentaires de cancers rénaux et colorectaux provenant de centres contribuant déjà à l'étude, ainsi que pour établir de nouvelles collaborations dans d'autres régions et pays. C’est le cas du Centre Léon Bérard a été sollicité pour compléter la cohorte européenne des cancers colorectaux, principalement chez les patients jeunes (>50 ans).

Data controller

Centre International de Recherche sur le Cancer (Organisation mondiale de la santé)

Categories of data used
Données d’identification (sans donnée nominative) / Données de santé / Données génétiques
Origine de données utilisées
Soins
Centre Léon Bérard (Lyon)
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
2016
2017
2018
2019
2020
2021
2022
2023

Association entre fragilités gériatriques et espérance de vie chez les patientes de plus de 85 ans suivies à l’ICL entre 2014 et 2022 pour un cancer du sein RH positif, curatif au moment du diagnostic

Objectives

Rechercher une association entre fragilités gériatriques et espérance de vie chez des patientes âgées > 80 ans qui ont bénéficié d’une prise en charge curative d’un cancer du sein localisé RH positif, entre 2014 et 2022 au sein de l’Institut de Cancérologie de Lorraine

Data controller

Pr Didier PEIFFERT, directeur de l'Institut de Cancérologie de Lorraine

Categories of data used
Données de santé
Origine de données utilisées
Soins
Institut de Cancérologie de Lorraine (Nancy)
2014
2015
2016
2017
2018
2019
2020
2021
2022

Comparaison curiethérapie de surface versus radiothérapie externe pour les tumeurs du cuir chevelu

Objectives

- Comparer la curiethérapie de surface versus la radiothérapie externe de lésions du cuir chevelu avec comme objectif principal l’épargne encéphalique- Critères de jugements secondaires : toxicités, récidives…

Data controller

Pr Didier PEIFFERT, directeur de l'Institut de Cancérologie de Lorraine

Categories of data used
Données de santé
Origine de données utilisées
Soins
Institut de Cancérologie de Lorraine (Nancy)
2011
2012
2013
2014
2015
2016
2017
2018
2019
2020
2021
2022
2023
2024

Besoins en soins de support des anciens patients pédiatriques, adolescents et jeunes adultes traités pour un cancer, et de leurs parents, dans l’après- cancer : Co-construction et validation d’outils d’évaluation - ExPEDAJAC 2

Objectives

Description grand public :

Le projet EXPEDAJAC 2 vise à valider des questionnaires permettant d’évaluer les besoins en soins de support des anciens patients pédiatriques, adolescents et jeunes adultes traités pour un cancer, et de leurs parents. Ces questionnaires, créés en collaboration avec des cliniciens, des chercheurs, des anciens patients et des parents d’anciens patients, permettront de mieux comprendre les difficultés des anciens patients et de leurs parents lors du suivi à long terme (3 à 10 ans après la fin des traitements). 

Description détaillée :

ExPEDAJAC 2 est une recherche en Sciences Humaines et Sociales (SHS), NRIPH, multicentrique, prospective, collaborative, basée sur une méthodologie mixte (i.e., quantitative et qualitative). L’objectif principal de cette étude est d’effectuer la validation psychométrique de fiabilité (consistance interne) de questionnaires d’évaluation des besoins en soins de support (BSS), lors du suivi à long terme (i.e., 3 à 10 ans post-traitement), en langue française, des anciens patients en oncohématologie et de leurs parents, adaptés en fonction de l’âge des patients à l’inclusion (6-14 ans, 15-24 ans, et 25-29 ans). Les objectifs secondaires visent à : 1) Valider les autres propriétés psychométriques des questionnaires d’évaluation des besoins en soins de support (BSS), 2) Evaluer la qualité de vie et l’anxiété-dépression des anciens patients et des parents lors du suivi à long terme, 3) Décrire les spécificités des BSS de chaque groupe de participants. Le projet s’organise autour de 2 phases comme suit :

- Phase 1 : 

  • Phase 1a : Création des questionnaires BSS version 1 de façon participative (6 groupes de travail composé d’un panel de personnes: professionnels de santé, chercheurs, anciens patients, parents d’anciens patients)
  • Phase 1b : Pré-test des questionnaires BSS version 1 en multicentrique

- Phase 2 :

  • Phase 2a : Adaptation des questionnaires BSS (création d’une version 2) de façon participative (groupes de travail identiques à la phase 1a), et au regard des résultats de la phase 1b
  • Phase 2b : Test/retest des questionnaires BSS version 2 en multicentrique en vue d’une validation psychométrique de ceux-ci.

 

Le projet traite uniquement de la création et validation de questionnaires. En aucun cas, le projet ne prévoit de modification de la prise en soins et/ou du parcours des anciens patients.

 

 

Data controller

Centre Léon Bérard (Pour l'Institut d’Hématologie et d’Oncologie PEdiatrique -IHOPe)

Centres participants :

  • IHOPe
  • Centre François Baclesse
  • CHU d’Angers
  • CHU de Saint-Etienne
  • Centre Eugène Marquis
  • Hôpital Robert Debré
  • CHU de Nice
  • CHU de Tours
  • CHU de Grenoble
  • CHU de Rennes
  • Institut Gustave Roussy
  • APHM

 

Categories of data used
Données d’identification (sans donnée nominative) / Données de santé / Données socio-professionnelles / Données relatives au mode de vie
Origine de données utilisées
Soins
Centre Léon Bérard (Lyon)
2024
2025
2026
2027
Centre François Baclesse (Caen)
2024
2025
2026
2027
Centre Eugène Marquis (Rennes)
2024
2025
2026
2027
Gustave Roussy (Villejuif)
2024
2025
2026
2027
Others (excluding cancer centers)
2024
2025
2026
2027

Impact de l’infection à HPV sur l’épidémiologie des cancers de l’oropharynx en France en 2023

Objectives

En France, l’épidémiologie des COP HPV-induits est encore mal caractérisée. Afin d’avoir une vision plus complète de l’épidémiologie des COP et de l’impact des HPV-oncogènes en France, il est nécessaire de réaliser des investigations complémentaires dans des régions avec des profils différents. L’objectif de cette étude est d’obtenir une vision exhaustive de la proportion de COP HPV-induits en France en 2023 en fonction des régions, de leur niveau de consommation de tabac et d’alcool, des caractéristiques cliniques (âge, sexe…) des patients HPV-positifs et de comparer la proportion de COP HPV-induit en 2013 rapport à 2023. De plus, plusieurs études récentes ont suggéré que le virus Epstein Barr (EBV) pourrait être un cofacteur impliqué dans le développement des COP HPV-induits. Nous souhaitons également au travers de cette étude, évaluer la proportion de co-infection HPV et EBV au sein des COP.

Data controller

GORTEC - Groupe d'Oncologie Radiothérapie Tête Et Cou

Categories of data used
Données d’identification (sans donnée nominative) / Données de santé
Origine de données utilisées
Soins
Centre Léon Bérard (Lyon)
2013
2014
2015
2016
2017
2018
2019
2020
2021
2022
2023

Data management and quality assurance in federated consortia; investigating the interplay of federated and local data quality inspection

Objectives

Description grand public :

Dans le cadre du projet STRONG AYA, un tableau de bord a été développé par un membre de MAASTRO (Maastricht Radiation Oncology, Pays-Bas), pour permettre aux utilisateurs d’inspecter des données provenant de sources multiples. Cet outil, sous forme de dashboard, a pour objectif de contrôler la qualité des données fédérées utilisées en recherche. Parallèlement, la Data Factory (Lyon, France) a conçu un tableau de bord destiné à évaluer la qualité intrinsèque d’une base de données locale. Ce projet vise à mettre en évidence les différences entre ces deux approches d’évaluation - locale et fédérée – et à explorer leur complémentarité. 

Description détaillée :

STRONG AYA est un réseau européen interdisciplinaire et multipartite dont l’objectif est l’amélioration de la recherche et des soins des adolescents et jeunes adultes en utilisant des données fédérées issues de multiples institutions. Un algorithme Vantage6 a été développé afin de réaliser des analyses sans centralisation ni partage de ces données, garantissant ainsi leur confidentialité. Un dashboard disposant d’une intégration à Vantage6, a été conçu pour permettre aux utilisateurs d’examiner ces données fédérées et d’évaluer leur qualité sur une interface unique. Parallèlement, un dashboard évaluant la qualité des données d’une base institutionnelle a été développé au sein de la data factory. À la différence du contrôle qualité précédent, celui-ci s’exécute sur des données locales, permettant ainsi l’identification d’incohérences à un niveau plus approfondi. L’objectif de ce projet est de comparer les résultats obtenus par ces deux outils et d’étudier la complémentarité de ces deux approches de contrôle qualité. Pour ce faire, ces deux outils doivent évaluer la qualité des données issues d’un même ensemble de données. Ce dataset est issu d’une base de données historique appartenant au CLB. La mise en commun et la réutilisation de ces données de santé nécessitent de renforcer leur protection : (i) La pseudonymisation des données de la base sera assurée par un protocole permettant d’éviter leur réidentification. (ii) Ces données sont hébergées sur leur site d’origine et ne seront pas partagées.  

Data controller

Centre Léon Bérard et Maastricht University Medical Center + (Pays Bas)

Categories of data used
Données d’identification (sans donnée nominative) / Données de santé
Origine de données utilisées
Soins
Centre Léon Bérard (Lyon)
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
2016
2017
2018
2019
2020
2021
2022
2023
2024

Schwannome mélanotique : présentation clinique et histopathologique d'une série de cas, analyse du microenvironnement tumoral avec la plateforme COMET.

Objectives

Évaluer le microenvironnement tumoral dans les échantillons histologiques de schwannome mélanocytaire et analyser son association avec les caractéristiques cliniques des patients.

 

Data controller

Institut Gustave Roussy

Centre de lutte contre le Cancer, Etablissement de santé privé à but non lucratif

39bis rue Camille Desmoulins, 94805 Villejuif, France

Categories of data used
Données d’identification (sans donnée nominative) / Données de santé / Données génétiques
Origine de données utilisées
Soins
Gustave Roussy (Villejuif)
2021
2022
2023
2024
2025
2026
Essais cliniques
STING

: LAL-Dif-IPC 2024-050 –Les leucémies aiguës lymphoblastique : un diagnostic difficile

Objectives

Principal

Analyser les intensités d’expression des marqueurs spécifiques de lignées T, B et myéloïde en définissant des seuils d’intensité sur l’échelle logarithmique  (faible, moyen, fort) et si possible par comparaison aux cellules normales (pas toujours présentes dans l’échantillon)

 

 

Secondaires 

  • Déterminer si l’exploration immunogénétique (clonalité B/T (Ig/TCR) en biologie moléculaire) et/ou l’exploration oncogénétique (séquençage NGS) sont une aide au diagnostic dans les situations où le diagnostic est difficile
  • Analyser l’impact sur la prise en charge thérapeutique 
Data controller

Institut Paoli Calmettes

232 Boulevard Sainte Marguerite 

13273 Marseille Cedex 09

 

Categories of data used
Données d’identification (sans donnée nominative) / Données de santé / Données génétiques / Antécédents familiaux / Données médico-administratives
Origine de données utilisées
Soins
Institut Paoli Calmettes (Marseille)
2019
2020
2021
2022
2023
2024

E-Cane

Objectives

Évaluer l’adhésion du patient à la mise en place d’actions éducatives en santé à distance (e-ETP), chez des patients AJA atteints de cancer en cours de traitement, quel que soit leur lieu de prise en charge en France.

 

Centre participants : Centre Léon Bérard, institut Bergonié Bordeaux, CHU de Nantes, CHU de Nice.

Data controller

CHU de Nice

Categories of data used
Données d’identification (sans donnée nominative) / Données de santé
Origine de données utilisées
Soins
Centre Léon Bérard (Lyon)
2024
2025
2026

Mise en place d’un modèle de co-culture (ADIP)

Objectives

Description grand public

Le glioblastome (GBM) est une tumeur cérébrale très agressives, multi-résistantes et très invasives. L’objectif de ce projet est de mieux comprendre les mécanismes d’invasion des cellules tumorales de glioblastome dans un modèle cellulaire qui permet d’étudier les interactions entre les cellules tumorales et les cellules composants le système vasculaire. Pour développer ces modèles cellulaires vascularisés, nous avons besoin de mettre en présence des vaisseaux issus de pièces de tissus graisseux normaux, avec des cellules de glioblastome. Description détaillée : Le glioblastome (GBM) est une tumeur cérébrale très agressives, multi-résistantes et très invasives. Le GBM est l’une des formes de cancer les plus incurables chez les adultes et, par conséquent, représente l’un des cancers les plus difficiles en termes de stratégies thérapeutiques. Malgré les soins standards consistant en une résection chirurgicale et une radio-chimio-thérapie (avec le témozolomide; TMZ), la survie globale des patients atteints de GBM demeure médiocre (16 mois) (Stupp, Mason et al., 2005) Le degré profond d’hétérogénéité au sein et entre les tumeurs du GBM représente un facteur critique contribuant à la mauvaise issue des patients. L’objectif de ce projet est de mieux comprendre les mécanismes d’invasion des cellules tumorales de glioblastome dans un modèle in vitro d’organoïdes vascularisés. En effet, des interactions importantes entre les cellules tumorales et les cellules composants le système vasculaire ont été mise en évidence, de même, que des contacts en cellules les neurales. De récentes données, de la littérature et de notre laboratoire, montrent l’effet bénéfique des vaisseaux, retrouvés dans le tissu adipeux, sur la maturation des organoïdes et sur la migration des cellules tumorales. En effet, ces vaisseaux montrent une identité comparable à ceux retrouvés dans le cerveau. Nous souhaitons donc pouvoir extraire les vaisseaux présents dans des pièces de tissus graisseux.

Data controller

Centre Léon Bérard (CRCL)

Categories of data used
Données d’identification (sans donnée nominative) / Données de santé
Origine de données utilisées
Soins
Centre Léon Bérard (Lyon)
2025