Description grand public :

Lancé en 2021, le projet BOAS-LMC vise à faciliter la manipulation des données de santé à des fins de recherche et les mettre à disposition de la communauté scientifique. Dans le cas de la LMC, il existe un besoin non couvert chez les patients après échec des ITK, qui amène de nouvelles stratégies thérapeutiques et des parcours de soins hétérogènes, qui doivent être analysés par la recherche.

Description détaillée :

Les porteurs du projet LMC-BOAS ambitionnent de développer et de valider des algorithmes de ciblage, permettant d’identifier les personnes atteintes de LMC dans la base principale du SNDS, bien que cela s’avère difficile. En effet, beaucoup sont suivis par un médecin de ville (dont les données ne sont pas intégrées dans la base principale du SNDS), et les hospitalisations concernent les cas les plus sévères. 

De plus, l’indication de prescription des ITK n’étant pas limitée à la LMC, les données relatives aux dispensations ne peuvent pas servir de seule et unique base pour cibler les patients. C’est pourquoi les porteurs du projet se concentrent sur le développement d'algorithmes de ciblage dans la base principale du SNDS.

Pour ce faire, les porteurs de projet vont chaîner les données issues de la base principale du SNDS à des données extraites du système d’information hospitalier du Centre Léon Bérard (Gold Standard, c’est-à-dire la base de données de référence pour la LMC). Les algorithmes seront testés sur ces données afin de calculer les indicateurs de performance pour chacun des algorithmes. La mise à disposition des indicateurs de performance permettra aux équipes de recherche de sélectionner l’algorithme à utiliser en fonction de leurs besoins (sensibilité maximale, spécificité maximale). Le projet LMC-BOAS est ainsi innovant car il chaîne les données d’un Gold Standard clinique à celles de la base principale du SNDS, et propose des algorithmes basés sur des méthodes d’intelligence artificielle et de machine learning. 

Description grand public :

L’objectif de cette étude rétropsective faite sur une période de 10 ans 2014-2024, est de mieux comprendre les causes de décès des patients atteints d’une tumeur germinale métastatique au niveau clinique et biologique.

Description détaillée :

Les tumeurs germinales (TG) post-pubertaires touchent près de 2800 hommes par an en France, le plus souvent avant l’âge de 40 ans. Il s’agit majoritairement de cancers d’origine testiculaire, mais des localisations rétropéritonéales ou médiastinales initiales sont également possibles. Même à un stade métastatique, la plupart de ces cancers restent d’excellent pronostic et peuvent être guéris par un traitement associant chimiothérapie et chirurgie. Malheureusement, certains patients présenteront une maladie métastatique résistante aux chimiothérapies conventionnelles et intensifiées, et décèderont du fait de la progression de la tumeur germinale. Leur rareté ainsi que l’absence de thérapies validées font de ces tumeurs germinales réfractaires une maladie orpheline mortelle, qui touche des hommes jeunes avec un âge médian au décès de 45 ans. L’INCa estime à 86 le nombre de patients décédés en France en 2018 de cancer du testicule.                                                               

L’objectif de cette étude est de décrire les caractéristiques cliniques, biologiques et histologiques des tumeurs germinales létales, ainsi que de détailler leur prise en charge, particulièrement au stade métastatique (protocoles, suivi).

Principal :

Evaluation des critères d’agressivité dans le dernier mois de vie des AJA de 18 à 30 ans.

Secondaires 

Accès aux soins palliatifs.

Lieux de décès.

Temps passé en service de MCO et/ou USCI dans le dernier mois de vie.

Directives anticipées

Statut de la personne de confiance

Description grand public :

L’étude TRANS-SOMA vise à mieux comprendre une forme rare de cancer testiculaire, les tumeurs germinales non séminomateuses lorsqu'elles évoluent vers une transformation spécifique du tératome en contingent somatique malin. Il s’agit d’une étude analysant des données médicales existantes pour évaluer la survie des patients atteints. En parallèle, des analyses moléculaires sur certains échantillons tumoraux seront réalisées afin d’approfondir les connaissances sur les mécanismes biologiques de ces cancers rares et d’améliorer les soins à l’avenir

Description détaillée :

L’objectif principal de l’étude TRANS-SOMA est d’évaluer la survie globale des patients présentant une tumeur germinale non séminomateuse ayant un diagnostic histologique de transformation du tératome en contingent somatique malin soit dans la tumeur primitive soit dans l’atteinte métastatique.

 Objectifs secondaires :

• Évaluer la survie sans progression dans cette même population de patients

• Analyser le taux de réponse après chimiothérapie.

Étude ancillaire : Identifier et comparer les anomalies moléculaires spécifiques du tératome transformé en contingent somatique malin à celles observées dans des cancers similaires non issus de tumeurs germinales. Effectuer environ 30 analyses moléculaires par NGS (Next-Generation Sequencing) sur les échantillons tumoraux disponibles : stade primitif / métastatique. 

Les résultats permettront de mieux comprendre les aspects épidémiologiques et moléculaires de cette maladie rare, contribuant ainsi à améliorer la prise en charge thérapeutique des patients concernés

Description grand public :

L’étude clinique Breastimmun-3 visait à étudier, chez des patientes atteintes de cancer du sein triple négatif résistantes à la chimiothérapie néoadjuvante + chirurgie (statut RCBII/III), l’efficacité d’un traitement adjuvant combinant anti-PD-1 et anti-CTLA-4, comparativement à la chimiothérapie contrôle (capécitabine). Au sein de cette cohorte, pour 6 patientes, nous avons pu collecter des tissus tumoraux aux 3 temps d’intérêt : au diagnostic, à l’exérèse et à la rechute. Ainsi, sur ces échantillons pairés, nous avons réalisé des analyses moléculaires (WGS et WES). L’objectif est d’identifier des marqueurs génétiques qui évoluent au cours de la progression tumorale et de caractériser d’éventuels mécanismes spécifiques aux patientes traitées par immunothérapie versus chimiothérapie. 

Description détaillée :

L’objectif de cette analyse est d’identifier la présence d’anomalies (modifications) non héréditaires, qui pourraient expliquer la maladie et/ou prédire son évolution. Les échantillons disponibles pour chaque patiente sont : 3 échantillons de tumeur (tumeur primaire, tumeur résiduelle après chirurgie et récidive) et un échantillon de sang. Pour 4 des 6 patientes, des données de Whole Genome Sequencing (WGS) sont disponibles (soit 4x4=16 échantillons) avec une couverture moyenne de 45X et pour les 6 patientes, des données de WES sont disponibles (soit 6x4=24 échantillons) avec une couverture moyenne de 135X. Ainsi, l’analyse prévue permettra de décrire les évolutions géniques qui prennent place chez les patientes en rechute mais également de savoir si ces changements géniques sont communs (ou au contraire uniques) à toutes les patientes qui ont une récidive. La méthodologie bio-informatique utilisée sera la suivante : 1) Préprocessing et contrôle qualité des données ; 2) Détection des variants germline dans les gènes connus pour être impliqués dans le cancer (liste des gènes issue de Cosmic par exemple) ; 3) Estimation de la clonalité/CCF (« Cancer Cell Fraction ») ; 4) Détection des variants somatiques et identification des variants spécifiques ou avec une fréquence allélique différente en fonction des types d’échantillons de tumeur ; 5) Analyse des signatures mutationnelles et comparaison aux bases de données (ex : Cosmic) ; 6) Prédiction des « tumor progression tree » à partir des variants somatiques ; 7) Calcul et différentiel de la charge mutationnelle tumorale (« Tumor mutational burden », TMB) entre les échantillons de tumeur (primaire, résiduelle ou récidive) ; 8) Analyse des variations de nombres de copies de gènes (CNV) et différentiel potentiel entre les échantillons de tumeur ; 9) Prédiction des « oncogenetic tree » à partir des CNV ; 10) Analyse des variants structuraux et différentiel potentiel entre les échantillons de tumeur (calcul de la charge de variants structuraux -insertions, délétions, translocations…-, circos plot, signatures…).

Description grand public :

Ce projet a pour objectif de mieux comprendre un type de sarcomes présentant une altération très rare dit « avec réarrangement de NUT ». Ces entités étant encore mal décrites d’un point de vue anatomopahtologique, clinique et génétique. Il n’existe pas de données de transcriptomique, ni de méthylation de l’ADN au sujet de ces tumeurs. Le plan d’étude prévoit donc d’utiliser des données de caractérisation issus du diagnostic moléculaire et de faire des analyses approfondies (méthylome, immunohistochimies, …) sur quelques cas pour lesquels des échantillons tissulaires issus du diagnostic sont encore disponibles.

Description détaillée :

Actuellement dans le spectre des cancers avec un réarrangement du gène NUTM1 seul le carcinome NUT est intégré dans la classification des tumeurs de l’OMS. Ces carcinomes qui présentent un réarrangement du gène NUTM1 ont un pronostic sombre, avec une survie à 5 ans d’environ 40%. Ces carcinomes comme leur nom l’indique présentent l’expression de cytokératines et le plus souvent de la P40. Il a été décrit beaucoup plus récemment dans la littérature des cas de tumeurs sans expression de marqueurs épithéliaux et présentant une morphologie de sarcome avec des réarrangements des gènes NUTM1 et NUTM2B. Ces sarcomes avec réarrangement de NUT sont encore mal décrits d’un point de vue morphologique, clinique et génétique. Il n’existe pas de données de transcriptomique, ni de méthylation de l’ADN au sujet de ces tumeurs. Ce projet permettra d’explorer d’un point de vue nosologique mais également clinico-biologique ces entités afin de mieux les comprendre. Plan de l’étude :- Extraction des données clinico-pathologiques de la base de données du réseau INCA NETSARC+- Recueil des données d’expression génique (RNAseq), ces données sont déjà disponibles à l’institut Bergonié et au CLB car la technique a été réalisée au moment du diagnostic. Réalisation de clustering non supervisée à partir des données transcriptomiques (utilisation de la base de données de tumeurs de l’institut Bergonié).- Acquisition des données de méthylome des tumeurs (Séquenceur Illumina, puces V2, collaboration avec CHU de Marseille et CHU d’Angers) et comparaison avec les données de méthylome des carcinomes NUT à l’institut Bergonié.- Recherche d’éléments morphologiques communs aux cas de sarcomes sur lame virtuelle (scan des HES).- Comparaison des données morphologiques et immunohistochimiques entre les sarcomes et les carcinomes NUT.La demande d’échantillon biologique concerne 4 tumeurs qui présentent un réarrangement sous représenté dans nos données de méthylomes. Elles permettront une meilleure représentativité de notre cohorte finale.

Principal : 

Evaluation de l’impact d’une antibiothérapie préemptive sur la mortalité à 90 jours chez les patients asymptomatiques colonisés biliaires en post-opératoire d’une duodénopancréatectomie céphalique.

Secondaires :

Evaluation des facteurs de risque de mortalité à 90 jours chez les patients colonisés biliaires en post-opératoire d’une duodénopancréatectomie céphalique.

Evaluation de l’impact d’une antibiothérapie préemptive sur les complications postopératoires ([classification de Clavien], fistule, hémorragie, choc septique, mortalité 1 an) chez les patients asymptomatiques colonisés biliaires en post-opératoire d’une duodénopancréatectomie céphalique.

Description grand public :

Reprise d’histoire de la maladie de patients d’âge pédiatrique suivis ou ayant bénéficié d’un suivi pour un corticosurrénalome pour sensibiliser les médecins pédiatres aux pièges diagnostiques de cette pathologie.

Description détaillée :

Reprise de l’histoire de la maladie de 5 patients d’âge pédiatrique suivis ou ayant bénéficié d’un suivi pour un corticosurrénalome à l’Institut d’Hématologie Oncologique Pédiatrique (IHOPe) de Lyon, à savoir les symptômes initiaux, les examens biologiques et les imageries réalisées, dans le but de sensibiliser les médecins aux pièges diagnostiques de cette pathologie et de mieux informer sur la prise en charge à réaliser devant une image suspecte de la surrénale

Primaire :

Analyser le devenir des patients atteints de LAM traités par thérapies innovantes (combinaisons VEN-analogues nucléosidiques, CPX-351, autres) à l’IPC et aux HCL

Secondaire : 

Comparer ces résultats avec ceux des patients traités par VEN-HMA 

Objectif principal: évaluer si le dispositif Dyameo permet de déterminer l’absence ou la présence de cellules tumorales en marge d’une pièce opératoire retirée lors de l’exérèse chirurgicale d’un carcinome épidermoïde des voies aérodigestives supérieures, et ainsi de guider de façon adéquate le geste du chirurgien pour aboutir à une marge finale négative (i.e. absence de cellules tumorales à la marge). L’efficacité observée sera comparée avec celle du gold standard actuel, l’analyse extemporanée de biopsies, en calculant le nombre de fois où l’une ou l’autre de ces méthodes a donné une consigne adaptée au chirurgien (i.e. faire une recoupe supplémentaire en cas de marge positive, ou ne pas recouper en cas d’absence de cellules tumorales à la marge) la référence étant l’analyse histopathologique finale.

Objectif secondaire: mesurer la spécificité et la sensibilité du dispositif Dyameo pour détecter la présence de cellules tumorales à la surface d’un tissu. L’analyse histologique, méthode de référence la plus fiable, sera utilisé pour confirmer ou non le résultat obtenu par l’analyse Dyameo. Ces performances seront comparées à celle de l’analyse extemporanée. Nous chercherons également à évaluer l’intérêt du nombre de mesures supplémentaires réalisables avec le dispositif Dyameo (par rapport à l’analyse extemporanée). Pour cela nous recenserons les cas éventuels où une analyse supplémentaire Dyameo a identifié (vrai positif) une marge positive qui n’aurait pas été repérée en se limitant aux analyses extemporanées. Nous chercherons également à évaluer le gain de temps potentiel offert par l’utilisation du dispositif Dyameo. Son utilisation, ainsi que les biopsies extemporanées seront chronométrées au cours de l’opération.