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De nouveaux inhibiteurs ciblant IDH1 muté (ivosidenib), IDH2 muté (enasidenib, olutasidenib) ou les deux (vorasidenib), ont montré une activité prometteuse pour le traitement des tumeurs mutées IDH. Les gènes IDH1/2 deviennent donc des biomarqueurs-clés à analyser lors du diagnostic moléculaire, en raison du développement de thérapies ciblées anti-IDH dans plusieurs pathologies parmi lesquelles les gliomes, les cholangiocarcinomes, les chondrosarcomes et les leucémies myéloïdes aiguës (LMA).
Les mutations IDH1/2 sont détectées dans plus de 80 % des gliomes de grade II/III, environ 15 % des cholangiocarcinomes et 50 % des chondrosarcomes. Dans la LMA, les mutations des gènes IDH font partie des altérations génétiques les plus courantes et sont détectées chez 15 à 20 % des patients. Techniquement, plusieurs approches, notamment la PCR et le NGS ciblé, peuvent être utilisées pour l'identification des mutations IDH1/2. Les deux techniques ont des avantages et des inconvénients. La PCR identifie sélectivement des mutations spécifiques, avec un temps technique relativement court (1/2 à 1 jour), tandis que le NGS ciblé est une technique plus exhaustive permettant d’analyser plusieurs exons voire plusieurs gènes entiers en même temps mais avec un temps technique plus long (3-5 jours).
Parmi les technologies basées sur la PCR, la technologie Idylla™ développée par Biocartis (Malines, Belgique) est un dispositif de PCR automatisé basé sur l’utilisation de cartouches avec un système de microfluidique permettant la détection qualitative de mutations hotspots au niveau des gènes étudiés en moins de 2h-2h30. Cette approche a l’avantage de ne pas nécessiter d’extraction des acides nucléiques au préalable mais peut également être utilisée en chargeant directement l’ADN/ARN extrait dans les cartouches. L'utilisation de la technologie Idylla a été largement développée dans les laboratoires de pathologie pour le diagnostic moléculaire de routine des cancers du poumon (mutations EGFR), des cancers colorectaux (mutations KRAS, NRAS, BRAF et MSI), des mélanomes (mutations NRAS BRAF), de l'endomètre/colorectal/autres cancers (MSI). La technique Idylla IDH mutation assay est une nouvelle approche Idylla permettant la détection de cinq mutations dans le codon 132 du gène IDH1, quatre mutations dans le codon 140 et six mutations dans le codon 172 du gène IDH2 en moins de 95 minutes.
Dans le cadre de cette étude rétrospective, notre objectif est de comparer la nouvelle technique Idylla IDH mutation assay comparativement à une technique de NGS ciblé utilisée en routine au laboratoire pour la détection des mutations IDH1/2 dans les tumeurs solides et tumeurs hématologiques. Nous déterminerons la concordance globale de la technique Idylla avec la technique NGS, ainsi que sa sensibilité et sa spécificité. Pour cela, nous souhaitons inclure environ 130 échantillons de patients (40 gliomes de bas grade, 40 cholangiocarcinomes, 40 LMA ainsi que 10 à 15 échantillons de chondrosarcomes) issus de la tumorothèque du laboratoire dont l’analyse NGS a déjà été réalisée dans le cadre de la prise en charge de routine des patients. L’analyse Idylla sera réalisée soit sur copeaux fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE) des échantillons de tumeurs solides, soit sous forme d'ADN extrait pour les LMA ou tumeurs solides sans matériel FFPE restant.
