Obiettivi
Le traitement des données s’intègre dans un projet de recherche à caractère d’intérêt public portant sur la description rétrospectivement des caractéristiques moléculaires et cliniques et les résultats des patients atteints de sarcomes inclassés.
Les sarcomes sont des tumeurs malignes hétérogènes comptant pour près de 20% des cancers solides chez l'enfant. Plus de 150 sous-types de sarcomes ont été décrits sur la base de caractéristiques cliniques, pathologiques, immunohistochimiques et génétiques. Grâce au séquençage à haut débit, l'identification de nouvelles altérations a considérablement amélioré le diagnostic et fourni des indications sur les mécanismes oncogéniques. Toutefois, une proportion importante de sarcomes pédiatriques reste non caractérisée, sans événement oncogénique et/ou biomarqueurs distincts, constituant un défi majeur aussi bien au niveau diagnostique que thérapeutique.
Dans une étude récente par RNA-seq, en dehors des échantillons pour lesquels nous avons identifié l’événement oncogénique, des analyses de clustering ont permis d’isoler de petits groupes de tumeurs possédant des caractéristiques similaires, définissant ainsi de nouvelles entités tumorales. Ce résultat illustre l'importance des analyses de clustering pour isoler des groupes de tumeurs dans lesquels les mécanismes oncogéniques peuvent alors être identifiés à posteriori.
Le projet que nous proposons ici vise à étudier au moins 150 échantillons FFPE issus de sarcomes pédiatriques inclassés en utilisant une approche multidimensionnelle et intégrative. Ces échantillons seront comparés avec au moins 150 cas FFPE issus de sarcomes adultes. Nous proposons d’étudier les altérations génomiques/transcriptomiques par RNA-seq et exome-seq, ainsi que d’identifier des groupes spécifiques à partir des profils de méthylation grâce à des méthodes robustes de clustering. Ces résultats seront couplés aux informations cliniques et pathologiques, afin d’identifier des sous-groupes à risque et/ou des signatures transcriptomiques, génomiques ou de méthylation corrélés aux informations cliniques (statut, rechute ou métastase).
Au total, notre étude devrait permettre de mieux classer ces sarcomes pédiatriques et d'identifier de nouveaux événements oncogéniques pouvant servir soit de biomarqueurs, soit de nouvelles cibles thérapeutiques.
